Hneď po prestupe do Slovana (v roku 2004) sa začal objavovať v slovenských reprezentačných mládežníckych tímov. V septembri ho nominovali na sústredenie šestnástky. Prvýkrát si dres s dvojkrížom na hrudi obliekol 14. októbra 2002 v Myjave proti Česku. O rok neskôr striedal štarty v šestnástke a v sedemnástke. A na októbrovom kvalifikačnom turnaji národných tímov do 17 rokov na východe našej krajiny si ho všimol zástupca talianskej Brescie a o osude Mareka bolo rozhodnuté... Nemal ešte sedemnásť rokov, keď bol prvýkrát nominovaný do reprezentačnej dvadsaťjednotky.
Prvý zápas v Španielsku V januári 2007 sa išiel na Mareka pozrieť do Brescie vtedajší tréner Slovenska Ján Kocian. Z Talianska sa potom, čo videl jeho výkon, vrátil nadšený. Nominoval ho na februárový zápas áčka proti Poľsku, v ktorom ako devätnásťročný aj debutoval. Na prvý gól v slovenských farbách si počkal do októbra 2007, keď skóroval v Dubnici proti San Marínu. Výrazným spôsobom prispel k historickému postupu Slovenska na majstrovstvá sveta v roku 2010 v Juhoafrickej republike. V dnešnej dobe si bez neho našu zostavu nemôžme predstaviť – už ako dvadsaťdvaročný sa stal kapitánom národného mužstva.
V slovenských reprezentačných tímoch ho formovali a formujú Ivan Hucko, Ladislav Hudec, Stanislav Baran, Ladislav Petráš, Ján Kocian a Vladimír Weiss.