O pár týždňov však Marek zmenil klub. Vďaka dedovi, ktorý mal kontakty v Slovane absolvoval na Tehelnom poli tri skúšky, po ktorých sa mládežnícky kouč belasých Igor Bôbik rozhodol angažovať ho. Lenže prestup nebol jednoduchý. Jupie si vypýtalo od belasých peniaze. Tí však boli v tom čase finančne na tom veľmi zle. Podľa tabuľkových hodnôt musel Slovan za neho zaplatiť odstupné vo výške 125 000 Sk, ktoré však nemal. Marekov otec predal rodinnú Felíciu, vypožičal si peniaze od dvoch kamarátov a získal potrebné financie. Prestupu na Tehelné pole už nebránilo nič a 6. augusta 2002 sa stal hráčom Slovana.  Začiatky v najslávnejšom slovenskom klube neboli jednoduché. Veď Marek mal iba pätnásť rokov a ocitol sa sám vo veľkomeste. Napriek tomu si rýchlo zvykol. Mesiac po prestupe do Slovana bol prvýkrát nominovaný do reprezentácie Slovenska do šestnásť rokov. Okrem pôsobenia v belasom drese navštevoval športové gymnázium. V úvodnej sezóne za mužstvo z Tehelného poľa nastupoval za mladší dorast. V ďalšej aj za starších. A so Slovanom dosiahol to, čo sa nepodarilo v predchádzajúcich štrnástich sezónach. V sezóne 2003/04 sa stal tak v mladšom, ako aj staršom doraste majstrom Slovenska. Navyše v decembri 2003 sa stal halovým majstrom našej krajiny. Najlepším strelcom a hráčom turnaja bol práve Marek Hamšík. Za áčko pred prezidentom V lete 2004 patril Marek vekom ešte k dorastencom, ale pripravoval sa s áčkom Slovana. Hral za neho prípravné zápasy a 24. júla absolvoval v jeho drese aj súťažnú premiéru. V deň zápasu proti Michalovciam (1. liga) mal Marek iba šestnásť rokov a 362 dní! A jeho úvodné stretnutie videl v hľadisku aj prezident Slovenska Ivan Gašparovič. Ten spolu s prítomnými divákmi viackrát spontánne zatlieskal po skvelých Marekových akciách. O dva týždne (7. augusta) zaznamenal Marek svoj prvý gól za Slovan. V dueli proti Prešova skóroval v nadstavenom čase hlavou. Po šiestich zápasoch si to namieril do Brescie... A ktorým ľudom vďačí Marek zo Slovana najviac? Trénerom Igorovi Bôbikovi, Borisovi Kitkovi, Ivanovi Hrdličkovi, Štefanovi Zaťkovi a manažérovi mládeže Antonovi Valovičovi, ako aj celému klubu.